Chùa được thiền sư Thiệt Thụy (Tánh Đường) khai sơn vào thế kỷ XVIII. Tên gọi Huê Nghiêm xuất phát từ việc lấy tên bộ kinh Huê Nghiêm đặt tên chùa. Lúc đầu, chùa xây ở vùng đất thấp, cách ngôi chùa hiện nay khoảng 100m. Về sau, bà Nguyễn Thị Hiên đã hiến đất để xây dựng lại ngôi chùa.

Tại đây còn lưu truyền câu chuyện kể về bà Nguyễn Thị Hiên như sau: khi bà Hiên sắp lâm chung, bà nhờ viết trên lòng hai bàn tay một câu bằng son đỏ: “Nguyễn Thị Hiên, làng Linh Chiểu Đông, Gia Định, chùa Huê Nghiêm, An Nam”.

Năm 1821, hoàng hậu nhà Thanh (Trung Quốc) hạ sinh công chúa, trên lòng bàn tay hiện rõ những chữ bằng son đỏ hệt như ở lòng bàn tay bà Hiên. Sau đó vua Thanh sai sứ sang Việt Nam và tìm đến chùa Huê Nghiêm để tìm xác nhận điều linh ứng trên. Sứ nhà Thanh xin trùng tu chùa và xây lại ngôi mộ cho bà Hiên, đồng thời cũng hiến tặng chùa một pho tượng quan âm bằng đồng, cao 80cm.

Dưới thời tổ Huệ Lưu làm trụ trì, chùa đã được đại trùng tu một lần vào cuối thế kỷ XIX. Sau đó, tổ Lệ Phương lại tiếp tục cho sửa sang, tu bổ thêm vào các năm 1960, 1969 và 1990.

Các vị Tổ nối tiếp nhau trụ trì chùa Huê Nghiêm gồm: Tổ Tế Lý, Đạt Lý, Tế Giác, Tế Vĩnh, Huệ Lưu, Hồng Tín, Thiện Bửu, Khánh Bình, Trí Đức. Trong đó, đặc biệt là tổ Huệ Lưu, đã châm lửa tự thiêu mình cúng Phật tại chùa Huê Nghiêm ngày 12 tháng Giêng năm Mậu Tuất (1898) vì không muốn bị quấy nhiễu bởi cám dỗ thường tình.

Còn đây là đoạn trích giới thiệu chùa Huê Nghiêm 2 từ trang web vncgarden

 Chùa tọa lạc ở số 204 đường Đặng Văn Bi, phường Bình Thọ, quận Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh. Ngày nay, chùa thường được gọi là chùa Huê Nghiêm 1 để phân biệt với chùa Huê Nghiêm 2 ở phường Bình Khánh, quận 2 do HT Thích Trí Quảng sáng lập năm 1975. Chùa thuộc hệ phái Bắc tông.

Chùa được Thiền sư Thiệt Thụy – Tánh Tường (1681 – 1757) khai sơn vào thế kỷ XVIII. Nhiều tư liệu hiện nay đã xác định năm thành lập chùa là 1721, là ngôi chùa cổ nhất ở thành phố hiện nay.

Lúc đầu, chùa xây ở vùng đất thấp, cách ngôi chùa hiện nay khoảng 100m. Về sau, bà Nguyễn Thị Hiên (1763 – 1821) pháp danh Liễu Đạo, tự Thành Tâm, đã hiến đất để xây lại ngôi chùa.

Chư vị trụ trì tiền nhiệm của chùa là: HT Thiệt Thụy – Tánh Tường (đời thứ 35 Lâm Tế Chánh Tông), HT Tế Lý – Quảng Đức (đời thứ 36 Lâm Tế Chánh Tông), HT Liễu Xuân – Tiên Minh (đời thứ 37 Lâm Tế Chánh Tông), HT Đạt Lý – Huệ Lưu (đời thứ 38 Lâm Tế Chánh Tông), HT Từ Thông – Hồng Tín (đời thứ 40 Lâm Tế Gia Phổ), HT Lệ Phương – Thiện Bửu (đời thứ 42 Lâm Tế Gia Phổ), HT Hồng Phước – Trí Đức (đời thứ 40 Lâm Tế Gia Phổ), Trụ trì hiện nay là HT Nhật Lượng – Trí Độ (đời thứ 41 Lâm Tế Gia Phổ). Viện chủ là HT Nhật Nghiêm – Trí Quảng (đời thứ 41 Lâm Tế Gia Phổ).

Chùa được trùng tu nhiều lần. Lần trùng kiến lớn nhất vào cuối thế kỷ XIX do Thiền sư Đạt Lý – Huệ Lưu tổ chức. Kiến trúc chùa hiện nay được thay đổi ở những lần trùng tu vào các năm 1960, 1969, 1990 và 2003 do các ngài Thiện Bửu, Trí Đức và Trí Độ tổ chức, với mái ngói chồng diêm, các đầu đao cong vút. Bờ nóc mái trang trí những hoa sen cách điệu.

Khuôn viên chùa khá rộng, có nhiều tháp cổ. Tam quan chùa và đài Quan Âm ở sân trước chùa được xây vào năm 1990. 

Chánh điện được bài trí tôn nghiêm. Chính giữa tôn trí tượng Di Đà Tam Tôn (đức Phật A Di Đà, Bồ tát Quan Thế Âm và Bồ tát Đại Thế Chí). Bàn thờ kế tiếp thờ Thích Ca Tam Tôn (đức Phật Thích Ca, Bồ tát Văn Thù, Bồ tát Phổ Hiền). Trước có tượng Thích Ca Đản sanh và bảy vị Phật Dược Sư. Bàn thờ hai bên thờ Bồ tát Quan Âm Thiên thủ Thiên nhãn và Bồ tát Di Lặc. Sau điện Phật, có bàn thờ linh vị chư Tổ và bàn thờ bà Nguyễn Thị Hiên cùng chư vị Phật tử quá cố.

Bài Tổ đình Huê Nghiêm và huyền thoại ở ngôi mộ cổ (Báo Giác Ngộ ngày 10-01-2001) cho biết: “Đến cuối đời, trước ngày tạ thế, bà bảo với mọi người rằng mình sẽ lâm chung vào ngày mồng 1 tháng 6. Rồi bà nhờ người thân viết vào lòng bàn tay bằng sơn đỏ với dòng chữ: Nguyễn Thị Hiên, làng Linh Chiểu Đông, Gia Định, An Nam, Hoa Nghiêm Tự. Cùng năm ấy (1821), Hoàng hậu triều Mãn Thanh (Trung Quốc) hạ sanh công chúa, ở bàn tay cũng có những chữ giống như trên tay bà Hiên. Vua Mãn Thanh đã gửi sứ giả qua Việt Nam làm rõ nguyên nhân. Theo địa chỉ trên, họ tìm tới chùa Huê Nghiêm và được Tổ Tế Lý (1763 – 1829) xác thực là đúng. Sứ nhà Thanh đã xin trùng tu lại ngôi chùa và xây cất ngôi mộ bà Nguyễn Thị Hiên trong khuôn viên chùa”.

Sách Sổ tay hành hương đất phương Nam (NXB TP. Hồ Chí Minh, 2002) cho biết: “Bà Hiên là một Phật tử chí thành. Bà không chỉ hiến mảnh đất để dựng chùa mà còn là một thí chủ nổi tiếng về lòng từ thiện. Tục truyền, do công đức lúc sanh tiền nên sau khi tạ thế, bà được đầu thai làm công chúa triều nhà Thanh (Trung Quốc). Truyền thuyết kể rằng: Năm 1821, Hoàng hậu nhà Thanh sanh một công chúa, trên lòng bàn tay công chúa nổi một dòng chữ son đỏ: Nguyễn Thị Hiên, Linh Chiểu Đông thôn, Gia Định, Đại Nam. Chính vì vậy, vua nhà Thanh đã sai sứ sang xứ ta để truy tìm tông tích. Tìm đến chùa Huê Nghiêm, xác định rõ lai lịch bà Nguyễn Thị Hiên, sứ giả đã kể lại điều hiển linh kỳ diệu đó, và dâng cúng cho chùa một pho tượng Quan Âm bằng đồng”.

Chùa là nơi phát xuất nhiều vị cao tăng của Phật giáo miền Nam, như Thiền sư Tế Giác – Quảng Châu tức Tiên Giác – Hải Tịnh, Thiền sư Đạt Lý – Huệ Lưu, Hòa thượng Thích Từ Văn, Hòa thượng Thích Trí Đức, Hòa thượng Thích Trí Quảng…

Thiền sư Tế Giác – Quảng Châu được xem là vị Tổ quan trọng nhất ở miền Nam vào thế kỷ XIX. Ngài Tế Giác xuất gia với Tổ Thiệt Thụy, sau đấy, trên đường tiến tu, ngài đã đến tham vấn học đạo với Tổ Phật Ý – Linh Nhạc. Vâng lời chỉ dạy của Tổ Phật Ý, ngài cầu pháp với Tổ Tổ Tông – Viên Quang nên có tên là Tiên Giác – Hải Tịnh (theo dòng truyền thừa của hệ Lâm Tế Gia Phổ). Năm 1825, vua Minh Mạng sắc phong chức Tăng cang cho ngài và bổ nhiệm trụ trì chùa Thiên Mụ (Huế). Đến đời Thiệu Trị, ngài được cử làm trụ trì chùa Giác Hoàng. Ngài đã giáo dưỡng, đào tạo nhiều nhân tài cho Phật giáo. Ngài đã trở thành Tổ sư của cả ba tông: Lâm Tế Chánh Tông, Lâm Tế Gia Phổ và Tế Thượng Chánh Tông.

Hàng hậu học nối tiếp dòng Lâm Tế Chánh Tông của Tổ Tế Giác có Tổ Đạt Lý – Huệ Lưu, nổi tiếng là ông vãi bán khoai. Trên đường hành đạo, ngài đã góp phần giáo hóa dân chúng bằng lối thơ mộc mạc.

Đặt ngôi chùa trong quan hệ thân thiết với cộng đồng làng xã, chùa còn giữ bài thơ của Tổ Huệ Lưu gửi làng Linh Chiểu Đông (Gia Định) năm 1897. Bài thơ có đoạn:

Kính thăm hương chức hai chữ miên trường.
Kể từ tôi cư ngụ bổn hương
Tính đã có chín năm đủ vậy
Thấy trong làng những ai cùng nấy
Trên thuận hòa, dưới cũng thuận hòa …
Chốn non đài tôi ngụ hôm nay
Việc am tự nhờ làng chiếu cố
Tôi cũng muốn dốc lòng bồi bổ
Có lời nguyền phải gắng ra đi
Ở trong chùa cúng kiếng việc chi
Chúng tăng thỉnh làng vô nhắc nhở …

Hải Đường trong bài Chùa cổ Huê Nghiêm – một số linh vị và truyền thuyết (Báo Giác Ngộ ngày 31-7-1999) cho biết: “Có một mỹ nữ con ruột quan Tri huyện, thương yêu Hòa thượng tột cùng, nên đã không ngừng tới chùa dụ dỗ, cưỡng ép Hòa thượng từ bỏ cửa thiền để làm vị hôn phu của cô. Hòa thượng Huệ Lưu vì đã Đạt Lý chơn tu hơn người nên đã phần thân (xà dy – tự thiêu) về cõi Phật, giữ trọn đạo hạnh, khiến tăng chúng kính phục, tôn làm Tổ”. Trên tháp và linh vị Tổ Huệ Lưu có ghi: “Sùng kiến Huê Nghiêm đường thượng, tự Lâm Tế Chánh Tông tam thập bát thế, húy Đạt Lý, thượng Huệ hạ Lưu Hòa thượng xà dy giác linh miêu tọa …”.

Xuất thân tu học từ tổ đình Huê Nghiêm, HT Thích Trí Quảng, đương nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Trưởng ban Hoằng pháp trung ương, Trưởng ban Trị sự Phật giáo TP. Hồ Chí Minh.

Hằng năm, rất đông Tăng Ni, Phật tử khắp nơi về chùa dự lễ húy kỵ Tổ khai sơn vào ngày 06–10 âm lịch và húy kỵ Tổ Huệ Lưu vào ngày 12 tháng giêng âm lịch.

Chùa là ngôi cổ tự nổi tiếng ở thành phố xưa nay, đón tiếp thường xuyên Phật tử, du khách trong nước, nước ngoài đến tham quan, chiêm bái.